Gebruik de zoekfunctie aan de linkerkant van de pagina om snel specifieke moleculen of molecuulgroepen te vinden en ze direct weer te geven in het visualisatievenster.

• Zoeken op molecuulnaam: typ (een deel van) de naam van het molecuul om het te vinden.
• Zoeken op functionele groepen: typ een functionele groep, bijvoorbeeld alcoholen of DNA, om bijbehorende molecuulklassen te bekijken. Labels kunnen gecombineerd worden om zoekresultaten te verfijnen.
• Bekijken van zoekresultaten: onder de zoekbalk verschijnt een lijst met moleculen die aan je zoekopdracht voldoen.
• Selecteren van molecuul: klik op de naam van een molecuul om deze direct weer te geven in het visualisatievenster.

Gebruik de categorieën boven de zoekbalk om verschillende groepen moleculen te verkennen en ze direct weer te geven in het visualisatievenster.

• Selecteer een categorie: klik op de gewenste categorie om de bijbehorende moleculen te bekijken.
• Beschikbare moleculen bekijken: onder het zoekveld verschijnt een lijst met moleculen die tot de gekozen categorie behoren.
• Selecteer een molecuul: klik op de naam van een molecuul om het direct weer te geven in het visualisatievenster.
• Zoeken binnen categorie: Gebruik het zoekveld om binnen de geselecteerde categorie te zoeken naar specifieke subcategorieën of moleculen.
• Filters resetten: klik op het Molecuulwijzer-logo om alle filters en categorieën te resetten.

Gebruik het visualisatievenster om moleculen in 3D te bestuderen en hun structuur van dichtbij te bekijken.

• Selecteer een molecuul: klik op de naam van een molecuul om het direct weer te geven in het visualisatievenster.
• Legenda bekijken of verbergen: rechtsboven in het visualisatievenster wordt standaard een legenda weergegeven met uitleg over de atoomtypen en bijbehorende kleuren. Je kunt deze legenda onder het venster uitschakelen.
• Categorie-specifieke opties: bij sommige categorieën verschijnen extra opties onder het venster:
  • Isomeren: twee isomeren worden naast elkaar weergegeven om ze te kunnen vergelijken.
  • Organische verbindingen: de IR-optie wordt beschikbaar voor deze verbindingen.
  • Chemische reacties: de reactiepad-optie wordt beschikbaar voor chemische reacties.

Gebruik de besturingsopties om de weergave van een molecuul aan te passen en de structuur van verschillende kanten te bekijken.

Rotatie:

• Het molecuul roteert automatisch nadat het is ingeladen in het visualisatievenster.
• Stop de rotatie door onder het venster de knop Rotatie te deselecteren.
• Om handmatig te roteren, klik op de structuur, houd de linkermuisknop ingedrukt en sleep in de gewenste richting.

In- en uitzoomen:

• Klik eenmaal op het visualisatievenster en scroll om in of uit te zoomen.

Extra visualisatieopties:

Meer visualisatieopties worden zichtbaar door met de rechtermuisknop op het visualisatievenster te klikken.

Gebruik de meetfuncties om meer inzicht te krijgen in de geometrie van een molecuul.

Afstanden:

• Alle afstanden weergeven: gebruik de optie Afstanden onder het visualisatievenster om alle berekende afstanden weer te geven.
• Afstand tussen twee atomen meten: dubbelklik op het eerste atoom, verplaats de muis naar het tweede atoom (een roze tekst verschijnt) en dubbelklik opnieuw om de afstand te meten.

Hoeken:

• Alle hoeken weergeven: gebruik de optie Hoeken onder het visualisatievenster om alle hoeken in de structuur weer te geven.
• Hoek tussen drie atomen meten: dubbelklik op het eerste atoom, beweeg de muisaanwijzer naar het tweede atoom en klik eenmaal (er verschijnt roze tekst). Beweeg vervolgens de muisaanwijzer naar het derde atoom en dubbelklik om de hoek te meten.

Gebruik de IR-functie om vibraties te koppelen aan pieken in het infraroodspectrum van een molecuul. Let op: deze functie is alleen beschikbaar voor organische verbindingen.

• IR-spectrum openen: selecteer de optie IR-spectrum onder het visualisatievenster om het spectrum van het molecuul te laden.
• Vibraties bekijken: klik op een zwart punt bij een piek in het spectrum om de bijbehorende vibratie in het visualisatievenster weer te geven.
• Vibraties aan- of uitzetten: gebruik de optie Vibratie onder het venster om de geselecteerde vibratie in of uit te schakelen.
• IR-spectrum verbergen: Deselecteer de optie IR-spectrum onder het visualisatievenster om het spectrum te verbergen.

Gebruik de reactiefunctie om reactiebarrières, overgangstoestanden en verbrandingsreacties te bestuderen. Let op: deze functie is alleen beschikbaar voor moleculen in de categorie Chemische Reacties.

• Reactiepad weergeven: selecteer de optie Reactiepad onder het visualisatievenster om het reactiepad van een chemische reactie weer te geven.
• Structuren bekijken: klik op een zwart punt in de grafiek om de bijbehorende structuur in het visualisatievenster te tonen.
• Reactiestadia begrijpen: de zwarte punten in de grafiek vertegenwoordigen het reactantcomplex, de overgangstoestand en het productcomplex.
• Energie weergeven: beweeg de muis over een zwart punt om de relatieve energie te tonen. De energie van de overgangstoestand bepaalt de hoogte van de reactiebarrière.
• Reactieverloop afspelen: Start of pauzeer de animatie van het reactiepad onder de grafiek. Pas de afspeelsnelheid aan of schakel de optie Loop in om het verloop continu af te spelen.